扩增子

如果数据来源是分批次的话，需要分别导入，在去噪和生成特征表之后，把这些表进行合并，再进行后续分析。也就是说 1-3 对于分批次数据要分批次跑。

一、 基础概念

1 qiime2中数据的导入与导出

在QIIME2中，所有的输入数据都是以qiime2 artifacts的格式(.qza)存在，该格式有利于数据传递和生成路径追踪。在QIIME2中，你可以在分析的各个阶段导入数据，不论是原始的测序数据，还是经过处理产生的中间数据(eg. biom)，你都可以直接导入，接着进行后续分析。导入数据使用qiime tools import命令，你可以使用–show-importable-types和–show-importable-formats查看支持导入的数据类型，选择与你数据相应的导入类型。

你可以使用qiime tools export导出qiime的数据，用于R或者其他软件。这个命令与qiime tools extract命令的差别在于，导出命令只导出数据，与数据相关的生成追踪信息将被丢弃；但是提取命令不会，里面包含的provenance文件保存了这些追踪信息。

1 初始说明

• 测序数据类型

Illumina Miseq paired-end reads

• 实验设计

断奶后365天(dpw 365)的小鼠排泄物，比较初始10天(dpw 10)和中间10天(dpw140-150)的排泄物的微生物组的稳定性(肠道微生物组的变化情况)。为了简化操作，只用到一只小鼠的十个时间点(前5后5)的数据。这里还有模拟了由21种细菌组成的菌群的全基因组测序数据。先用小鼠的排泄物测序数据学习分析微生物群落，然后用模拟的菌落判断分析的错误率和它在其他分析中的作用。

• 关于软件

mothur既提供交互模式(像python)，也提供命令行模式；后者可以进行批量操作。

1 构建mapping file,并验证是否有误

mapping file记录着样品对应的barcode、primer、treatment group等信息，以tab作为列分割符。各列名如下：

下机reads组成：AdapterA - BarcodeSequence - LinkerPrimerSequence - Target - ReversePrimer - AdapterB