差异分析

Ballgown是一款灵活的用于RNA-seq数据差异分析的软件，除了差异分析，他还可以进行转录本的组织、可视化和分析表达程度。

RSEM利用的是transcripts而非genome。我们有两种方式来构建RSEM转录参考，其一是利用参考基因组来构建；另外一种方式是从许多转录本中构建。

下方的代码把edgeR的三种差异分析整合成一个函数, 调用时直接指定参数即可.

• classcial
• glm: likelihood ratio test/ quasi-likelihood F-test
• • quasi-likelihood(qlf): 推荐用于差异分析，因为他对错误率限制较好。
• • likelihood(lrt)：对与单细胞RNA-测序和没有重复的数据较好

limma最开始是用于芯片数据分析的,不过现在也支持RNA-seq等数据的差异分析，但是需要通过voom函数进行校正表达矩阵。