软件和包 单细胞

最近，在做单细胞测序的分析，出现了这么一个需求：Cellranger 中没有像 Seurat 一样进行单细胞数据中常见的几类质控，比如 nGene，nUMI, percent of mitochondria genes 等，因此对于 cellranger 得到的矩阵先要经过这类质控，再进行 cellranger analyze 的后续分析。本来 Cellranger 自己有进行后续的 Rkit 包进行分析，但由于第三方包的发展，这个包已经被废弃了。鉴于 Cellranger 主页自己推荐使用 Seurat 进行后续分析，我们也就选择了这个软件进行质控及后续分析。