软件和包

免比对的定量：kallisto

kallisto是一个align-free的测序结果定量工具。速度快得很.他可以在10min内完成index的构建，然后花3min完成30 million的human reads的定量。它不仅快速而且准确。

Pseudoalignment保存了用于定量的关键信息。An important feature of kallisto is that it outputs bootstraps along with the estimates of transcript abundances

stringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件